Już wczesną wiosną 1939 roku wojna była nieunikniona. Przeciętni ludzie może do końca wierzyli ,że los opatrzności pozwoli uniknąć wojennych tragedii, ale sztabowcy i politycy tę świadomość mieli. Mobilizacja korpusów przygranicznych w marcu 1939 to już zapowiedź realnego zagrożenia. Zajęcie Czechosłowacji, Kłajpedy i sąsiedztwo Prus Wschodnich sprawiło, że Rzeczpospolita była otoczona przez Niemców z trzech stron. W Warszawie 23 marca przeprowadzono próbny alarm lotniczy. Wtedy naprawdę powiało wojenną grozą.
5 maja 1939 roku minister Józefa Becka wygłosił w sejmie następujące słowa: "…pokój jest rzeczą ważną i pożądaną, ale pokój jak prawie wszystkie sprawy tego świata ma swoją cenę . Jest tylko jedna rzecz w życiu ludzi narodów i państw, która jest bezcenna. Tą rzeczą jest HONOR".
Naczelny Wódz zarządza 13 sierpnia częściową mobilizację rezerwistów, a 23 i 24 sierpnia mobilizację alarmowa (niejawną, kartkową) dla około 75% stanu Wojska Polskiego. Z gminy Młochów kilkudziesięciu rezerwistów melduje się w swoich jednostkach. Następnie marszałek Rydz-Śmigły w nocy 28/29 podejmuje decyzję o powszechnej mobilizacji, która w ciągu dnia, pod naciskiem Anglii i Francji, zostaje odwołana. Kiedy informacje o decyzji Hitlera o napaści na Polskę są już prawie oczywiste Prezydent Mościcki ogłasza w dniu 30 sierpnia mobilizację powszechną z wykonalnością na 31 sierpnia - czwartek. Rano tego dnia na nadarzyńskich budynkach rozlepione są plakaty, takie same plakaty rozwożą gminni woźni po wsiach.
Rano o 4.45 wybucha wojna. Z morza, powietrza i z lądu wojska niemieckie uderzają na Rzeczpospolitą. Rząd wprowadza stan wojenny na terenie całego kraju. Radio podaje komunikaty o wybuchu wojny. Około godziny 10.00 pierwsze samoloty niemieckie pojawiają się nad Warszawą, widać je również z Nadarzyna. Następnie około godziny 17.00 następuje pierwsze potężne bombardowanie stolicy. Odgłosy wybuchów i powracające do swoich baz w Prusach Wschodnich samoloty, to słyszalne i widzialne oznaki wojny.
W Nadarzynie około południa zbiera się Zarząd Gminy pod przewodnictwem wójta Bonieckiego z udziałem komendanta Józefa Pisarka. Ze starostwa przychodzą odpowiednie zarządzenia dotyczące obowiązków władz i ludności. Życie codzienne w zasadzie idzie swoim torem, rolnicy udają się do prac polowych, czynna jest większość sklepów, tylko dzieci nie idą do szkoły. Następnego dnia groza wojny dociera do wszystkich.
Większość Żydów udaje się do Warszawy, część do Grodziska Mazowieckiego i Pruszkowa. Częściowo ich domy, sklepy i warsztaty zostają ograbione. Wójt Boniecki składa raport do starostwa o sytuacji w Nadarzynie i gminie. Rodziny niemieckie zamieszkujące Nadarzyn siedzą w domach. Młyn i tartak Aleksandra Ertnera pracuje bez zakłóceń, choć nie wszyscy stawili się do pracy. Trzeciego dnia wojny z Grodziska przychodzi polecenie stawienia się w dniu następnym, straży ogniowej wraz ze sprzętem do ochrony stacji kolejowej w Grodzisku. Radio podaje wiadomość, że Wielka Brytania i kilka godzin później Francja wypowiadają Niemcom wojnę. W ludziach budzi się nadzieja.
Podwojone są straże nocne, mieszkańcy oklejają szyby papierem, no i oczywiście obowiązuje zaciemnienie po zmroku. Nad Nadarzynem w ciągu dnia widać niemieckie samoloty i sporadycznie polskie. Czwartego września wracają do swych domostw Żydzi. Część mieszkańców Nadarzyna wyjeżdża do rodzin zamieszkałych dalej od Warszawy w mniejszych wsiach. Część wyjeżdża do Warszawy.
Z zarządu poczt i telegrafów przychodzi polecenie ewakuacji urzędu pocztowego w kierunku wschodnim. Zarząd gminy, wspólnie z Komitetem Obywatelskim i załogą posterunku policji państwowej, odbywa zebranie w sprawie sytuacji w gminie z którego powstaje raport przesłany do starostwa.
Goniec przywozi rozkazy o minimalnej zbiórce furażu dla wojska. Informacje o zbrodniach i bezeceństwach Niemców budzą przerażenie. Co raz więcej wojsk maszeruje przez Nadarzyn.
6 września przez Nadarzyn przejeżdżają tankietki TKS z kompanii rozpoznawczej kapitana Brażuka (dwa plutony), 11 czołgów uzbrojone w ckm i rkm, 4 jednostki ognia udając się w kierunku Mszczonowa. Tam, 7 września biorą udział w potyczce z oddziałami 4 dywizji pancernej Wermachtu pod dowództwem generała porucznika Georga Hansa Reinhardta i ponoszą straty w postaci dwóch tankietek. Reszta ewakuuje się kierunku Warszawy do miejsca stacjonowania w Ogrodzie Saskim.
Następnego dnia kompania robi rozpoznanie na przedpolu lotniska Okęcie (Załuski, Raszyn) i w starciu z oddziałami pancernymi 35 pułku traci 5 pojazdów.
W Nadarzynie na dzień 6 września, od rana zjeżdżają się podwody ze zbożem i sianem dla koni. Na rynku jest kilkadziesiąt furmanek. Samolot niemiecki robi rozpoznanie lotnicze. Jest to załoga z Oleśnicy lub z lotniska polowego w okolicach Radomska. Zwiadowcy prawdopodobnie oceniają, że jest to jakieś zgrupowanie wojskowe. Załoga poczty z dokumentami, pieniędzmi i bronią opuszcza Nadarzyn, w konwoju policyjnym udaje się w kierunku Warki. Rano docierają informacje o apelu pułkownika Umiastowskiego, (szef propagandy w Naczelnym dowództwie Wojska Polskiego), aby mężczyźni-rezerwiści udawali się w kierunku wschodnim. Kilkunastu mężczyzn udaje w kierunku Tarczyna, niektórzy wierzyli, że uda się im przedostać do Rumunii. Ostatecznie grzęzną w lasach Młochowskich i po kilku dniach wracają do Nadarzyna. Około godziny 14.00 nadlatują niemieckie bombowce. Z Oleśnicy wystartowało 18 samolotów z zadaniem zbombardowania przedpola Warszawy dla oczyszczenia obszarów natarcia oddziałów z 4 dywizji pancernej. Bomby burzące i zapalające spadają na Mszczonów, Grodzisk Mazowiecki i Nadarzyn. Na Nadarzyn spadają bomby burzące i zapalające: trzy lub dwie na ulicę Pierackiego, dzisiejsza Mszczonowska. Płoną zabudowania Stanisława Trzosowskiego. Kolejna bomba uderza m.in. w stodołę w której są kolejarze z Warszawy. Ginie 3-letnia córka Trzosowskiego, a ciężko ranną żonę, do Warszawy odwozi samochodem kierowca Ertnera, jeden z braci Otto. Uszkodzone są i płoną zabudowania Rozalii Zalewskiej, Józefa Sztyka, Mateusza Mirosa na ulicy Ślepej (nazwa potoczna) dzisiejsza Kościuszki. Ślad po pani Trzosowskiej ginie, nie została odnaleziona. Dwie bomby spadają za plebanię od strony Warszawy, jedna na zabudowania pana Pióro, który w czasie nalotu z synem kosił łąkę. Dziś jest to rejon zabudowań ulicy Rolnej, pierwsze po prawej stronie w kierunku Szamot. Pożary gasi Zawodowa Straż Pożarna z Łodzi i Pabianic, które akurat jechały do Warszawy. Bomby spadają również na Kostowiec. Zbombardowany jest teren zakładu opiekuńczego. Przerażone siostry, znając z opowiadań barbarzyństwo Niemców, widząc okoliczne i cofające się polskie oddziały wpadają w panikę. Przełożona domu siostra Paulina Budzianowska i kierowniczka szkoły siostra Maria Szozda, furmankami i pieszo wyruszyły do domu prowincjonalnego w Warszawie, gdzie docierają rano następnego dnia. Matka przełożona Matylda Getter zagrożenie ocenia inaczej i natychmiast odsyła dzieci do Kostowca, które docierają na miejsce pod wieczór. Podobna sytuacja była u sióstr Magdalenek w Walendowie i Dominikanek w Rozalinie.
7 września (po apelu pułkownika Umiastowskiego) do Warszawy udaje się wójt Boniecki, który spotyka tam księdza Maliszewskiego i udziela mu pomocy.
Przed południem 8 września niemieckie czołówki 35 pułku wojsk pancernych wkraczają do Nadarzyna. Ich dowódca to ppłk. Heinrich Eberbach. Dowodzi on 4 pułkiem dywizji pancernej. Czołgi i samochody zatrzymują się na postój i tankowanie w lesie Wolickim (na wysokości majątku Paszków). Wraz z nimi wkraczają oddziały zmotoryzowane 17 pułku piechoty z 31 dywizji piechoty gen. Rudolfa Kaempfe. Do Nadarzyna wkraczają też "Einsatzgruppe"*,
Jednym z pierwszych aktów przemocy jest wzięcie zakładników, kilkadziesiąt osób jest przetrzymywanych na rynku. Przed wieczorem Niemcy zwalniają ich. Są pierwsze ofiary. Zamordowanych zostaje trzech Żydów, ojciec z synami, których rozstrzelano za swoimi zagrodami (rejon pastewnika), oraz polski oficer. W tym przypadku dwaj żołnierze niemieccy wyprowadzają polskiego majora w pole, przy bocznej drodze w kierunku na Tarczyn i zmuszają go do wykopania grobu. W czasie kopania, major odwraca się i błyskawicznym uderzeniem łopatą zabija jednego z nich, gdy zamierza się na drugiego pada przebity bagnetem. Wtedy nadbiegają inni Niemcy i zadeptują jeńca na miazgę.
8 września Niemcy zajmują budynek Zarządu Gminy, budynek szkolny i plebanię, gdzie jest tylko kościelny Franciszek Niezgoda. Oddział intendentury kontaktuje się z Aleksandrem Ertnerem. Bataliony pancerne kierują się na Raszyn, a rozpoznanie na kierunek Pruszków i Brwinów. Kilka czołgów (małych) ma postój przy ulicy Żółwińskiej, rejon targowiska. Niemiecki zarząd wojenny obowiązuje w Nadarzynie od 9 września. Od tego dnia są pierwsze niemieckie zarządzenia, represje i mordy. Następuje rejestracja obywateli pochodzenia niemieckiego. Wszyscy właściciele sklepów i warsztatów maja obowiązek stawić się w miejscu pracy lub zamieszkania. Kogo nie było obejście było grabione i podpalane. Np. sklep Jana Nowakowskiego, w którym dodatkowo zastrzelono ukrywającego się Żyda. Podpalono bożnicę. Kilkunastu Żydów m.in Żyda Skurnika i jego żonę w zaawansowanej ciąży, zamordowano w różnych miejscach. Przy ogrodach Szumachera (dzisiejsze pawilony przy Mszczonowskiej) rozstrzelano jeńca Mikołaja Jaremę. Pochówku dokonał Władysław Kanty wraz z synem. Nieśmiertelnik i dokumenty odesłane zostały do wsi w okolice Trembowli, ale nie wiadomo, czy trafiły do adresata.
9 i 10 września Niemcy dokonują w Nadarzynie kolejnych mordów na ludności żydowskiej, około 15 osób. Ciała pochowano na kirkucie, żydowskim cmentarzu w Kajetanach.
Są pierwsze zarządzenia. Nakazuje się natychmiastowe zdanie broni, amunicji i radioodbiorników. Zakazuje się gromadzenia oraz poruszania w godzinach od 19.00 do 6.00. Kategorycznie nakazuje się posłuszeństwo władzom niemieckim, powrót do domów i zachowanie spokoju.
Nasila się ruch wojsk niemieckich związku z zaopatrzeniem dla oddziałów walczących w rejonie Raszyna i na przedpolach Ochoty. W Nadarzynie koncentrują się oddziały przygotowane do odbicia Brwinowa zajętego przez 36 pułk Legii Akademickiej pod dowództwem płk Karola Ziemskiego (Bitwa Brwinowska 9- 13 września). Kilka niedużych czołgów koncentruje się przy ulicy Żółwińskiej (rejon dzisiejszego targowiska). W niedalekim Mszczonowie rankiem 11 września 31 pułk Strzelców Kaniowskich pod dowództwem ppłk Wincentego Wnuka rozbija zaplecze XVI Korpusu Pancernego zadając duże straty szczególnie w sprzęcie pancernym.
12 września aresztowanych zostaje około 80-100 osób, część jest wywieziona samochodami, a część pieszo pędzona pieszo w kierunku Rawy Mazowieckiej do obozów pracy (Handdorf). Kilka osób w różny sposób urywa się z kolumny i wraca do Nadarzyna.
13 września słychać odgłosy Bitwy Brwinowskiej, część jeńców z 36 pp Legii Akademickiej trafia do Nadarzyna. Z relacji pani Irminy Żak-Bajerskiej i innych osób wynika, że to jest ta grupa oficerów i podoficerów rozstrzelanych potem za plebanią (możliwe, że jest to zemsta za Mszczonów). Późniejsze ekshumacje zdają się potwierdzić ten mord.
14 września do Nadarzyna wraca wójt Boniecki, ale nie podejmuje urzędu. Swoje stanowisko obejmuje kilka dni później za namową "kategorycznej prośby "Aleksandra Ertnera i za zgodą Niemców.
Z innych ciekawych wydarzeń można dodać datę 18 września, gdzie około godziny 12.00 pilotujący transportowego Ju 87B Olt Pabst dostał z kaemu w silnik i wylądował na polu Młochowskim. Samolot należał do Luftflotte 1 z grupy II/ St. G 77. Następnego dnia został wydobyty z pola i odholowany.
26 lub 27 września przez Nadarzyn przejeżdża sam Adolf Hitler. Kolumnę samochodów witają naprędce zorganizowane szpalery żołnierzy. Adolf Hitler wizytował w tym czasie jednostki niemieckie zdobywające Warszawę - sztab kwaterujący w Falentach.
Administracja wojenna funkcjonuje do 26 października 1939 roku. Rozporządzenie gubernatora Franka ustanawia nowe podziały administracyjne, zarząd wojenno-polowy zastąpiony jest administracją cywilno-wojskową. W Nadarzynie stale przebywa około 15 do 20 żandarmów i funkcjonariuszy Schutz Polizei. Nadarzyn i gmina Młochów nadal są w powiecie błońskim, ale ten jest przyłączony do powiatu sochaczewskiego. W Sochaczewie starostą jest Karl Pott, a w Grodzisku Maz. Landratem-Kreishauptmanem dr Richard Lissberg.
W czasie przejmowania uprawnień administracyjnych, wykorzystując brak rozeznania w kompetencjach, zarząd gminy z inicjatywy Wiktora Rychwińskiego i kilku innych obywateli dokonuje przeniesienia ciał pomordowanych w ogrodzie za plebanią żołnierzy. Pomagają w tym również młodzi mieszkańcy gminy.
Na początku listopada Niemcy wstrzymują, ekshumacje, obawiając się, że w grobach maże znajdować się broń. Dalsze ekshumacje odbędą się dopiero wiosną.
28 października do Nadarzyna i Kostowca przybywają ranni żołnierze 39 pp Legii Akademickiej ze zlikwidowanego szpitala brwinowskiego.
W tych dniach przez Nadarzyn przemieszczają się kolumny jeńców polskich. Jakiś czas przebywają na terenie "Ugorka" - teren dzisiejszych działek pomiędzy ul. Błońską, a Żółwińską. Drugie obozowisko ulokowane jest na "Kępinie" - to rejon dzisiejszej ul. Akacjowej, Plantowej i dalej w kierunku Strzeniówki. Mieszkańcy aktywnie pomagają żołnierzom, zaopatrując ich w wodę i żywność. Ryszard Kostyra (rocznik 1928) twierdzi, że w domu jego rodziców kwaterowali oficerowie, w tym gen Rómmel Juliusz. Jeńców mogło być dwa, trzy tysiące. Po kilku dniach zostają popędzeni w kierunku Rawy Mazowieckiej, Błonia i Sochaczewa.
Od 30 października Niemcy nakazują powołanie w Błoniu powiatowego Judenratu. gminę żydowską reprezentuje w nim Wajselfisz z Nadarzyna. Na porządku dziennym jest prześladowanie Żydów, uliczne poniżanie, bicie bez powodów, zrywanie mycek, obcinanie bród, znieważanie kobiet i ogólna otwarta grabież. Żydzi zobowiązani są od 15 października 1939 roku do noszenia szerokich na 10 cm, żółtych, a później białych opasek z gwiazdą Dawida na prawym ramieniu.
Pewnym zakończeniem działań wojennych może być uroczysty pochówek w dniu 1 listopada 1940 roku pomordowanych w Nadarzynie obywateli.